Hüdrobioloogia käsitleb veeloomade ja -taimede elu ning bioloogilisi protsesse veekogudes. Sellele väga lähedane teadus on limnoloogia (järveteadus), mis uurib just järvi. Limnoloogias on läbi põimunud geoloogia, füüsika, keemia ja bioloogia mitmesugused valdkonnad.
Alates Eesti NSV Teaduste Akadeemia Zooloogia ja Botaanika Instituudi (ZBI) loomisest 1947. aastal olid hüdrobioloogilised uurimused selle instituudi teadustegevuse oluline osa. Sisevete uurimine arenes algusest peale ekspeditsioonide baasil, mille teaduslik juhendaja oli prof Heinrich Riikoja ja tegevjuht Neeme Mikelsaar. Esimeste aastate (1951—1954) tulemused näitasid, et veekogude eluprotsesse oleks vaja uurida aasta läbi, mitte ainult suviti. Samuti tekkis vajadus korraldada katseid. Kalamajandust juhtivad organisatsioonid nõudsid samas ettepanekuid Võrtsjärve kalamajanduse reguleerimiseks. Nii oligi tekkinud vajadus limnoloogilise välibaasi järele.
Tulevase limnoloogiakeskuse asukoht, Võrtsjärve idakaldal asunud Petseri talu, osteti ZBI-le 14. septembril 1954. aastal. Seda päeva loetaksegi Võrtsjärve limnoloogiajaama asutamisdaatumiks, kuigi praegusel kujul hakati teda ehitama alles 1959. aastal. Peahoone nurgakivi pandi paika 6. mail 1961.
Sissekolimispidu peeti 1963. aasta lõpus. Koos laborimajaga püstitati lähikonda ka teadlaste elumajad. Tol ajal ei sõidetud iga päev tööle autoga, sest autosid polnud saada. 1965. a alustas tööd laste mängurühmana, mille pinnalt loodi 1967. a lasteaed. Limnoloogiajaama lastel oli lapsepõlv kesk vaikust, rahu ja looduse ilu. "Ema võib oma silmatera igal lõunavaheajal üle vaadata ja veenduda, et kõik on korras, või talle tööruumi aknast lehvitada, kui lapsed kalu vaatama või muulile järve ja laeva imetlema on tulnud" (Kangur, 1982). Lapsi viidi Rannu kooli ja toodi koolist limnoloogiajaama bussiga. Tänu sellisele turvalisele elukorraldusele ja kollektiivsele lastekasvatusele said teadlased päris rahulikult oma tööle keskenduda.
Siinset elu- ja tööpaika on kirjeldatud ka nii: "Limnoloogiajaama hooned asuvad metsas ja järve kaldal. Astud uksest välja ja oled silmitsi oma uurimisala – suure Võrtsjärvega. Oled üldse silmitsi loodusega, mille muutused – kevadised suurveed, talvised tuisud ja sügisene hääbumine – linnas ka bioloogil nägemata ja läbi tunnetamata jäävad. Limnoloogiajaamas on veel võimalik elada niisuguses keskkonnas, kus on säilinud äikesejärgne eriliselt lõhnav õhk, suitsuvinedest ähmastamata päikeseloojangud, puhas vesi ja Eestimaa kevadiselt lillakad kaasikud. Siin õpid loodust hoidma, sest ta on su kodu ümber, ja sellises kohas koged peagi, et sõltub suuresti sinust enesest, kas loodus sinu ümber säilib puhtana ja elamiskõlblikuna või mitte" (Kangur, Järvalt & Nõges, 1982).
Viited:
Kangur, K. (1982). Lapsed Limnoloogiajaamas. Noorus, (1).
Kangur, K., Järvalt, H., & Nõges, P. (1982). Limnoloogiajaam – vanad ja noored. Noorus, (1).
Alates 1997. aastast kuulub toonane Zooloogia ja Botaanika Instituut Eesti Maaülikooli koosseisu.
Eesti Maaülikooli Võrtsjärve õppekeskus (järvemuuseum) kasvas välja limnoloogiakeskusest. Aastatel 2002–2006 renoveeriti ja sisustati kasutuseta seisnud endised akvaariumiruumid Võrtsjärve Sihtasutuse eestvedamisel.
Uues järvemuuseumis rõõmustasid külastajaid akvaariumid elusate kaladega. Muuseumi eesruum kohendati ettekandesaaliks ning peahoonet ja akvaariumihoonet ühendavas klaasseintega galeriis hakati nüüdsest tähistama pidulikke sündmusi.
Lisaks ehitati järve kaldanõlvale vaatluspurre.
Tulemus sai nii hea, et tollane Eesti Maaülikooli rektor Alar Karis moodustas oma käskkirjaga 25. oktoobril 2006 uue struktuuriüksuse, Eesti Maaülikooli Võrtsjärve õppekeskuse.
Hoonet renoveeriti ja laiendati Euroopa Regionaalarengu Fondi ja Keskkonnainvesteeringute Keskuse toel. Töödega saadi valmis 2013. a. Lisaks soetati õppevahendeid ja uusi akvaariume ning uuendati ka vanu. Järvele väljasõitudeks osteti parvlaev.